本院設有學生會組織，命名為「香港神學院學生會」，所有在本院註冊的全時間課程學生皆為學生會正式會員，註冊為部份時間課程的學生為學生會附屬會員。學生會的設立乃訓練同學組織和領導才能，建立肢體配搭和互相關顧的生活，加強學術討論和神學反省，學習獨立思考判斷，關注社會動 態，對學習和生活作一整合，亦作為學生與學院及與其他神學院溝通的橋樑。

本院學生會是由學生自治自養之團體，其經費從學生會費而來，並由學生自理。職員由同學中選出，並由院方委派一位老師擔任顧問。學生會職員任期為一年，每位同學最多只可任學生會職員兩年。各職員崗位如下：

1. 主席兼學術：是同學對內及對外之代表，召開職員會會議，為會員大會及職員會之當然主席，會後負責諮詢及聯絡各有關人事，保管學生會印鑒。安排校內之學術討論活動及講座，及鼓勵同學關注社會動態及作出適當之回應，及聯絡及跟進校外福利。

2. 副主席兼聯代：協助主席推行一切會務，代表學院出席神學生聯禱會委員會會議， 及向同學推介聯禱會之工作。

3. 文書兼財政：負責會員大會和職員會之會議記錄工作及發出會議文件，處理一切文件、書信工作，負責統籌和計算學生會之收支賬項往來及銀鈔出納。

4. 靈修部：鼓勵及推動同學佈道祈禱的心志及工作，鼓勵及推動同學祈禱之事宜，推動同學關注與神的關係和自己屬靈生命的成長。

5. 關懷部：關懷同學，為同學提供校內福利及促進肢體相交生活，安排同學之康樂活動及負責編製同學之通訊錄。

6. 總務兼聯代：與院政部協調，安排每學期之小清潔，協助使用學院之影音設備和各活動場地之安排，負責購置學生會之用品，及編排同學之信箱。亦代表學院出席神學生聯禱會委員會會議，向同學推介聯禱會之工作。

7. 書介部：協助同學購買教科書之事宜，推介及協助代購本地及海外書籍。

學生會各職員本著學習事奉神和服務同學的精神而工作，使各同學得著益處，在這段求學期間互相扶持，同心合力見證基督，讓神得著榮耀。